Là một thành viên của ban biên tập của nhiều tạp chí uyên bác (Bulletin de la Société des Études Indochinoises, Bulletin de l'École Française d'Extrême-Orient, Journal Asiatique, Journal of International and Area Studies), Giáo sư Nguyễn Thế Anh đã viết hơn 120 quyển sách và các bài, trong đó có:

• Bibliographie critique sur les relations entre le Viêt-Nam et l'Occident, Paris, 1967.
• Kinh tế và xã hội Việt Nam dưới các vua triều Nguyễn, Saigon, 1968 (2nd ed., 1970, 3rd ed. 2008).
• Việt Nam dưới thời Pháp đô hộ. Saigon, 1970 (2nd ed. 1974, 3rd ed. 2008).
• Phong trào kháng thuế miền Trung năm 1908. Saigon, 1973 (2nd ed. 2008).
• The withering days of the Nguyen Dynasty. Singapore, 1978.
• Le Đại Việt et ses voisins. Paris, 1990.
• Monarchie et fait colonial au Viêt-Nam (1875-1925). Le crépuscule d'un ordre traditionnel. Paris, 1992.
• Notes sur la culture et la religion en Péninsule indochinoise. Paris, 1995.
• Guerre et paix en Asie du Sud-Est. Paris, 1998.
• Trade and navigation in Southeast Asia (14th-19th centuries). Paris, 1999.
• L'Asie Orientale et Méridionale aux XIXe et XXe siècles. Paris, 1999, in coll. with Harmut Rotermund & alii.
• Parcours d’un historien du Viêt Nam. Recueil des articles écrits par Nguyễn Thế Anh. Paris, 2008.
• Việt Nam. Un voyage dans son histoire. Paris, 2009.